柑橘の原種は3000万年前のインド東北部のアッサム地方近辺を発祥とし、様々な種に分化しながらミャンマー、タイ、中国等へ広まったとされる。中国においては古くから栽培が行われており、戦国時代に完成したとされる文献『晏子春秋』には「橘化為枳」（橘、化して枳と為る。境遇によって元の性質が変化する事の意）との故事が記されている。
日本にはタチバナと沖縄にシークヮーサーが原生していたが、3世紀の日本の様子が書かれた『魏志倭人伝』には「有薑橘椒蘘荷不知以爲滋味」（生薑、橘、山椒、茗荷が有るが、それらを食用とすることを知らない）と記されており、食用とはされていなかったと考えられる。
日本の文献で最初に柑橘が登場するのは『古事記』『日本書紀』であり、「垂仁天皇の命を受け常世の国に遣わされた田道間守が非時香菓（ときじくのかくのみ）の実と枝を持ち帰った（中略）非時香菓とは今の橘である」（日本書紀の訳）との記述がある。ここでの「橘」はタチバナであるともダイダイであるとも小ミカン（ヤツシロミカン）であるとも言われており、定かではない。
その後も中国からキンカンやコウジ（ウスカワミカン）といった様々な柑橘が伝来したが、当時の柑橘は食用としてよりもむしろ薬用として用いられていた。
ミカンとして最初に日本に広まったのはキシュウミカンである。約800年前に中国原産の小ミカンが肥後国八代（現熊本県八代市）に伝わったのが元であり、それが紀州有田（現和歌山県有田郡）に移植され一大産業に発展したことから「紀州」の名が付けられたとの説の他、元々紀州有田に自生していたという説等がある。また江戸時代の豪商である紀伊国屋文左衛門が、当時江戸で高騰していたミカンを紀州から運搬し富を得たことでも有名である。
ウンシュウミカンは当初「長島蜜柑」「唐蜜柑」等と呼ばれていたが、種子を生じない性質から武士の世に在っては縁起が悪いとされ、ほとんど栽培されることはなかった。しかし江戸時代後期よりその美味と種なしの利便性から栽培が行われる様になり、明治時代以降から徐々にキシュウミカンに取って代わる様になった。「温州蜜柑」との呼称が一般的になったのもこの頃である。
農学博士の田中長三郎は文献調査および現地調査から鹿児島県長島（現鹿児島県出水郡長島町）がウンシュウミカンの原生地との説を唱え、1936年に当地で推定樹齢300年の古木（太平洋戦争中に枯死）が発見されたことからこの説で疑いないとされるようになった。発見された木は接ぎ木されており、最初の原木は400〜500年前に発生したと推察される。中国から伝わった柑橘の中から突然変異して生まれたとされ、親は明らかではないが、近年のゲノム解析の結果クネンボと構造が似ているとの研究がある。
明治時代に入ると、以前よりミカン栽培に力を注いできた紀州有田は元より、静岡県や愛媛県等でもウンシュウミカンの栽培が本格化する。産地の拡大により市場競争が始まり、栽培技術の改善や経営の合理化が図られる様になった。またアメリカのフロリダに苗木が送られたのを皮切りに北米や朝鮮にも輸出される様になり、海外への展開も始まった。昭和初期にはナツミカンやアメリカから輸入されたネーブルオレンジ等も広く栽培され、柑橘市場の成長は最初のピークを迎える。
その後太平洋戦争に突入すると、食糧増産の煽りを受けて栽培面積は減少し、資材の不足と徴兵による労働力の減少により果樹園は荒廃した。戦後の復興期もしばらくは食糧難の解消が最優先とされ栽培面積の減少が続いたが数年後には増加に転じ、1952年に戦前の水準まで回復した。
そのまま高度経済成長の波に乗り、ミカン栽培は飛躍的な伸びを見せる。復興ブームによる果実消費の増大によってウンシュウミカンは高値で取引されるようになり、一部では「黄色いダイヤ」とも呼ばれた。1960年以後は行政施策の後押しもあって全国的に過剰なまでに増産され、1968年の豊作時には計画生産量を上回った。この頃には完全に生産過剰となっていたがなおも増産は続けられ、1972年には豊作とこの年から始まったグレープフルーツの輸入自由化の影響により価格が暴落。ピークの1975年には生産量は終戦直後の約8倍にあたる366.5万トンに達していた。
生産過剰に加えて1970年代よりアメリカからオレンジ輸入枠拡大の要請が強まり、政府はミカン栽培縮小へ方針を転換した。政府の政策は他種への改植を促す事にもなり、ウンシュウミカンの栽培面積が年々減り続ける一方で他の柑橘の栽培は拡大した。
1980年代からの日米貿易摩擦の中で1991年にオレンジの輸入自由化が始まった。円高も相まってオレンジの輸入が増大する一方で主に北米向けに行われていた輸出は途絶え、ミカン栽培は危機を迎えた。これに対して各産地では生産調整、品質の向上、価格が高い早生や極早生への切り替え等で対応し、ウンシュウミカンの価格は傾向として一時的に上昇した。しかし農家の後継者不足や果樹消費の多角化等、日本のミカン栽培は今なお様々な問題を抱えている。
近年では新たな販路として海外への輸出拡大が試みられており、主な輸出先である北米の他にも香港や台湾といったアジア諸国への輸出も始まった。中国等の海外産に比べて日本産のミカンは品質が良く、海外でも高い評価を得ている。